به گزارش پایگاه خبری تحلیلی خبررسا، آنطور که برخی رسانه‌ها روایت کرده‌اند ماجرا از این قرار است که از همان زمانی که رهبر به‌عنوان رئیس دانشگاه آزاد انتخاب شد، اصولگراها و بدنه دانشگاه که به اصولگراها نزدیک بودند به ولایتی فشار آوردند که فرهاد رهبر مدیر دانشگاهی دارای پشتیوانه آکادمیک نیست و دارای سوابق امنیتی است و بیشتر مناسب کارهای عملیاتی است.
طبق پیگیری‌های روزنامه سازندگی، بیشتر این نقدها به این بوده که فرهاد رهبر پشتوانه علمی و آکادمیک ندارد و با چهره‌های آکادمیک نزدیک به اصولگرایان حشر و نشر کافی را ندراد. در آن مقطع نیز ولایتی هم برای اینکه به این نقدها پاسخ دهد، طهرانچی را به‌عنوان سرپرست دانشگاه آزاد اسلامی استان تهران معرفی می‌کند.
از آنجایی هم که طهرانچی در حوزه انرژی‌های هسته‌ای و موارد مرتبط با آن اقدامات قابل توجهی داشته و در این حوزه فرد شناخته‌شده‌ای است جای پای خود را در ساختار دانشگاه آزاد اسلامی تقویت می‌کند. در واقع ولایتی برای اینکه سرپوشی بر نداشتن پشتیوانه علمی رهبر بگذارد، طهرانچی را جایگزین می‌کند و او را رئیس دانشگاه آزاد استان تهران می‌کند؛ جایگزینی که با تمردهای پی‌درپی طهرانچی از دستورات و بخش‌نامه‌های فرهاد رهبر به عنوان چهره‌ای در سایه پیش رفت و اوج آن در تاریخ ۹ اسفند ۹۶ و قهر فرهاد رهبر همراه شد. در آن مقطع استعفای فرهاد رهبر به دلیل دخالت ولایتی و تیم او در کارهای دانشگاه آزاد تکذیب شد و اما حالا پس از گذشت ۶ ماه نشان می‌دهد رگه‌هایی از واقعیت داشته است.
